Cette mission fut fondée aux débuts de la ville, en 1610, mais en partie détruite lors de la révolte des Pueblos. Elle servait d'église aux Mexicains et convertis du quartier voisin. Le bâtiment actuel, à l'exception des murs, fut reconstruit en 1710 et fortifié. Remarquez le retable de San Miguel (1798) et les peintures sur peau de buffle et de cerf (1630) qu'utilisaient les moines pour enseigner aux Indiens.