Après avoir servi, au 18e s., de lieu d'exécution des criminels, l'île fut achetée par un certain Samuel Ellis, puis revendue à l'État de New York en 1808. À la fermeture du centre d'accueil des immigrants de Castle Clinton en 1890, Ellis Island fut choisie comme porte d'entrée du Nouveau Monde. Le site abrite aujourd'hui l'Immigration Museum où sont présentées toutes les étapes subies par les nouveaux arrivants avant d'être admis en Amérique ou refoulés, le plus souvent pour des raisons de santé.