C'est dans ce monastère, accroché à un surplomb du rocher et formé de bâtiments du 13e s. que saint François institua la tradition de la crèche. La chapelle de la Crèche est décorée de fresques de l'école de Giotto. Vous pourrez également visiter les lieux où vécut le saint et, à l'étage, l'église primitive, qui date de 1228 et a conservé son mobilier d'origine.