Le Museo histórico regional retrace l'évolution de Cuzco depuis les temps préhistoriques jusqu'à l'époque de la vice-royauté, en passant par les périodes pré-inca et inca. Plus intéressantes sont les collections de peintures de l'École de Cuzco présentées dans les galeries à l'étage : série du Fils prodigue de Diego Quispe Tito, toiles ténébristes de Juan Espinoza de Los Monteros, style baroque indigéniste de Marcos Zapata.