Créé en 1881 par l'Écossais James Miln et enrichi par le Carnacois Zacharie Le Rouzic, le musée rassemble d'exceptionnelles collections allant du paléolithique inférieur au début du Moyen Âge. Le nombre de pièces (mobilier funéraire, parures, haches, poteries, etc.) découvertes aux environs de Carnac depuis le 19e s. montre que cette région devait constituer au 5e millénaire un centre de pouvoir important à l'échelle de l'Europe. L'âge du bronze est également présent, tout comme la période romaine.