Le bastion de l'Étendard reste la partie la plus imposante des fortifications de la ville haute. Il surveillait la porte de Gênes, unique entrée de la ville jusqu'au 19e s. On y a reconstitué des scènes marquantes de l'histoire de Bonifacio : la visite de Charles Quint, le passage de Bonaparte, le naufrage de La Sémillante aux îles Lavezzi... Une copie de la « Dame de Bonifacio » et le squelette fossilisé d'un soldat turc y sont également exposés.