Les embarcations royales formaient « l'escadre du Tage ». Elles permettaient de transporter la famille royale et leurs invités du palais à la maison du Laboureur. Le musée présente six embarcations qui furent celles de Charles IV (peintures de Maella), Isabelle II, Alphonse XII (en acajou), Marie-Christine (peintures imitant des tapisseries) et Alphonse XIII. Celle de Philippe IV, cadeau d'un comte vénitien, surpasse les autres par la richesse de sa décoration de bois sculpté et doré.