Don Juan de Vargas occupa la fonction de greffier (escribano), ou secrétaire du roi d'Espagne, de 1585 à sa mort, en 1620. Sa maison est l'une des plus belles demeures coloniales de Tunja. Un jardin fleuri occupe une cour aux allures de cloître. À l'étage est exposé un ensemble de céramiques muiscas retrouvées dans des tombes de la région. Levez les yeux vers le plafond où sont peints des éléphants, des sibylles, des symboles chrétiens et un rhinocéros inspiré de la gravure d'Albrecht Dürer.