C'est l'une des quatre sections du Museo Nazionale Romano avec le palazzo Altemps, le palazzo Massimo alle Terme et les thermes de Dioclétien. Le musée est réparti dans plusieurs salles découvertes à partir du Moyen Âge sur le site de la crypte de Balbus, un portique annexe au théâtre construit par Lucius Cornelius Balbus en l'an 13 av. J.-C. Les différents étages et la crypte en sous-sol retracent l'histoire du site au travers d'objets, de reconstitutions, de céramiques et de fouilles.