L'ancien couvent de San Francisco abrite le Museo Regional de Querétaro. Plusieurs fois remodelé, ce magnifique couvent du 16e s. est construit autour de trois patios rehaussés de mosaïques colorées et plantés de mandariniers. Le rez-de-chaussée est consacré à l'archéologie et à la culture otomi. À l'étage, la collection de peintures des 17e et 18e s. est particulièrement intéressante (oeuvres de Cristóbal de Villalpando et de Juan Correa). Plusieurs salles sont consacrées à l'Indépendance et à la triste fin de Maximilien.