L'église appartient à l'ensemble architectural du Clementinum qui comprend au total trois églises. Sa construction a débuté en 1578, en style Renaissance, mais les réaménagements effectués en 1640 par l'architecte Carlo Lurago lui ont donné son allure baroque actuelle. Les tours n'ont été ajoutées qu'en 1714. Les statues de la façade sont l'oeuvre du sculpteur Jan Bendl.