L'ancien réfectoire du couvent abrite la célèbre Cène de Léonard de Vinci, peinte à fresque entre 1485 et 1497, à la demande de Ludovic le More. Composition savante (l'espace peint semble être le prolongement de l'espace réel) et dramatique, elle évoque l'institution de l'Eucharistie. Sur le mur en face figure la Crucifixion (1495), de Montorfano, que l'éclat de la Cène ternit inévitablement.