Toute l'histoire du Mexique, de la Conquête aux années 1930, est évoquée à travers une riche collection de peintures, costumes, médailles, cartes et mobilier. Plusieurs toiles décrivent la vie quotidienne à Mexico au temps des vice-rois. Des peintures murales ornent le musée : un hommage à Benito Juárez par José Clemente Orozco, le Retablo de la Independencia, peint par Juan O'Gorman vers 1960, et celui « del Porfirismo a la Revolución » de David Alfaro Siqueiros (1966).