Ce musée est installé en partie dans le palais des comtes d'Alvor (17e s.), au sud du quartier de Lapa. Ses collections de peinture, sculpture, arts décoratifs du 12e s. au début du 19e s., sont étroitement liées à l'histoire du Portugal : artistes portugais, peintres européens ayant vécu ou séjourné au Portugal, objets provenant des anciennes colonies portugaises. Citons la Tentation de saint Antoine de Jérôme Bosch, les portraits des douze apôtres, les paravents japonais, sans oublier le polyptyque de l'Adoration de saint Vincent par Nuno Gonçalves.