Le sous-sol de la Fundação Millennium abrite des vestiges romains. Un espace muséologique permet de comprendre l'histoire de la Baixa depuis le 7e s. av. J.-C. On peut y voir la superposition de structures depuis les immeubles pombalins jusqu'au niveau phréatique. Ce site fut occupé par une fabrique de poterie, une nécropole puis une zone d'activité portuaire. Remarquez une mosaïque du 3e s. et un four de la période islamique.