Ce musée porte le nom du célèbre médecin Herman Boerhaave et donne un aperçu de cinq siècles de sciences naturelles et de médecine. Parmi les nombreux objets remarquables exposés, citons la collection Christiaan Huygens (1629-1695, physicien et astronome de renommée internationale), des instruments astronomiques, chirurgicaux, ainsi que les microscopes de Van Leeuwenhoek.