Ce bâtiment futuriste, dont les miroirs extérieurs réfléchissent la perspective du château et de la Vistule, est placé sous l'égide de la fondation Kyoto-Kraków, créée à l'initiative du metteur en scène Andrzej Wajda et de sa femme Krystyna Zachwatowicz. Le cinéaste a fait appel au Japonais Arata Isozaki pour cette construction. Le musée présente la culture japonaise au travers de belles expositions qui, par roulement, laissent à voir la collection de l'écrivain Feliks « Manggha » Jasieński, léguée au Musée national de Cracovie en 1920.