Le musée occupe, depuis 1966, l'ancien hôtel-Dieu dédié à saint Roch, patron des pestiférés. Construit au 12e s., puis agrandi du 15e au 18e s., le bâtiment fut érigé sur pilotis au-dessus de la Théols. Les collections concernent l'archéologie, la sculpture (deux sculptures de l'arbre de Jessé, fin du 15e s., uniques en Europe), la santé publique, les beaux-arts, les arts premiers et l'art contemporain. En 2015, le musée a reçu l'intégralité de la collection personnelle de Zao Wou-Ki qui comprend 90 oeuvres d'artistes du 20e s.