La 14e mission de Californie, qui doit son nom à Saint Joseph, fut fondée en 1797 par le père Fermín Lasuén. L'édifice est une fidèle reconstitution de la première église permanente en pisé de la mission. Construite en 1809, elle fut détruite par un grand tremblement de terre en 1868. Simple et dépouillée, sa façade dissimule un intérieur datant de la période 1833-1840, et contient notamment la reproduction de la feuille d'or d'un retable. Contemplez la statue de Saint- Joseph (v.1600) originaire d'Espagne ainsi que celle de la Vierge (18e s.), provenant du Mexique. Derrière les autels se dressent les statues du Christ (début du 19e s.) et de St. Bonaventure (1808). Les fonts baptismaux en cuivre martelé (années 1830) sont dus à Augustín Davila. Un petit jardin sépare l'église des anciens bâtiments réservés aux prêtres, qui abritent désormais un musée sur l'histoire de la mission, où sont exposés des objets amérindiens et religieux.