Installé dans l'ancien palais épiscopal (16e s.), le musée d'Évora présente des collections d'art et d'archéologie. On peut notamment y admirer le cénotaphe (16e s.) de l'évêque Afonso do Portugal, un beau sarcophage en marbre de 1364, des toiles de Francisco Henriques, peintre officiel du roi Dom Manuel, et de Gregório Lopes, où l'on remarque l'influence du maniérisme. À voir aussi, les treize panneaux de l'ancien retable flamand de la cathédrale.