Le musée de Peinture rassemble de nombreuses toiles de l'école vénitienne du 16e s. comme L'Annonciation de Véronèse et La Nativité du Tintoret, sans oublier des oeuvres du Titien. Van Dyck et Rubens figurent aussi dans les collections ainsi que Luca Giordano, Zurbarán, Ribera... Ne manquez pas Le Martyre de saint Maurice et la Légion thébaine du Greco, qui choqua Philippe II par son originalité. Le musée d'Architecture évoque la construction du monastère.