Logé dans le palacio del Almirante, édifice au style plateresque très chargé, le museo Inka conserve bijoux, momies, céramiques, armes et tissus incas, et en particulier une collection unique de 450 gobelets en bois (qeros) ornés de peintures. Cependant, encore plus que dans la présentation d'objets et d'oeuvres d'art, l'intérêt du musée réside dans le panorama complet et instructif qu'il dresse de la civilisation inca, de ses origines à sa chute, et même au-delà.