Saint François, après avoir fait reconnaître par le pape sa règle (1210), entreprit un itinéraire apostolique dont Cortone fut une des premières étapes. C'est là, aux Celle, qu'il fonda sa première communauté, séduit par le silence et le dépouillement du lieu. Formé de maisons accrochées à la colline, le couvent franciscain, encore en activité, conserve l'oratoire primitif des premiers compagnons du saint et, derrière l'autel, la minuscule cellule du Poverello qui, après avoir reçu les stigmates, revint sur les lieux.