Le Musée archéologique se situe dans l'ancienne basilique Agios Frangiskos qui sert d'écrin à une scénographie harmonieuse présentant le riche passé de l'antique Kydonia. On y découvre des bijoux, de magnifiques cercueils en terre cuite peints, des figurines de taureaux retrouvées à Tsiskiana, des monnaies crétoises, une mosaïque de l'époque romaine ainsi que des objets minoens.