Le Muséum anime à l'aide de manipulations et de jeux éducatifs ses départements : présentation de la faune et de la notion d'espèce (belle collection d'animaux naturalisés), iconographie animalière, univers du vivant (aquariums et vivariums), cosmos et géographie du Berry. Le rôle des scientifiques de la région est mis en exergue. Une section relate également l'histoire de l'évolution de l'homme.