Les objets de ce musée ont été découverts sur l'île, à Lilibeo (l'actuelle Marsala) et dans la nécropole de Birgi, sur le littoral, par l'archéologue Joseph Whitaker. Des céramiques phéniciennes et des vases grecs composent l'essentiel des collections. Le clou est cependant, parmi les sculptures, l'éphèbe de Mozia, noble figure à fière allure, au long vêtement finement plissé.