Installé dans l'ancien couvent des Jacobins, le musée créé en 1793 a été entièrement rénové et repensé en 2018-2019 pour présenter des collections locales, mais aussi, et surtout, d'Amérique centrale et du Sud, qui font sa notoriété. Riche de la deuxième collection d'art précolombien de France après celle du musée du quai Branly-Jacques Chirac, le musée expose un panorama complet des cultures préhispaniques du Pérou, d'Équateur, d'Amérique centrale et du Mexique jusqu'à la conquête espagnole.