La basilique, du 16e s., entoure la Portioncule édifiée autour de l'an Mil : saint François y consacra Claire épouse du Christ. Dans la chapelle voisine du Transit, il mourut le 3 octobre 1226. Outre de belles fresques consacrées aux Franciscains et un polyptyque en terre cuite vernissée d'Andrea della Robbia, vous pourrez voir le rosier où le saint se jeta afin d'échapper à la tentation, la grotte où il priait, et une statue du saint où les colombes aiment à se poser.