Napoléon III voulait édifier un mausolée de la famille impériale, il commanda donc en 1857 cette chapelle dont la grande coupole en trompe-l'oeil a été peinte par Maglioli. De style néo-Renaissance, elle est construite en pierre de St‑Florent et abrite notamment un beau Christ copte, ramené d'Égypte par Napoléon pour sa mère. Dans la crypte circulaire reposent plusieurs membres de la famille, dont Charles-Marie, son épouse Letizia, et le demi-frère de celle-ci, le cardinal Fesch.